Cơ cấu Tổ chức của Trung tâm bao gồm:

- Ban Giám đốc Trung tâm.

- Các phòng chuyên môn.

Ban Giám đốc

- Giám đốcTrung tâm: Giám đốc lãnh đạo mọi mặt công tác của Trung tâm, chịu trách nhiệm trước Giám đốc Sở Văn hóa và Thể thao Hà Nội và trước pháp luật về mọi hoạt động của Trung tâm.

- Phó Giám đốc Trung tâm: Là người giúp Giám đốc Trung tâm, chịu trách nhiệm trước Giám đốc Trung tâm và trước pháp luật về các nhiệm vụ được phân công; khi Giám đốc Trung tâm vắng mặt, một Phó Giám đốc Trung tâm được Giám đốc ủy nhiệm điều hành các hoạt động của Trung tâm.

Việc bổ nhiệm, miễn nhiệm, cách chức đối với Giám đốc, Phó Giám đốc Trung tâm thực hiện theo tiêu chuẩn chuyên môn, nghiệp vụ do Bộ VHTT&DL và Thành phố Hà Nội ban hành theo quy định của pháp luật.

Các phòng chức năng nghiệp vụ

Trung tâm hoạt động Văn hóa Khoa học Văn Miếu - Quốc Tử Giám hiện nay có 4 phòng chuyên môn nghiệp vụ:

- Phòng Hành chính -Tổng hợp

- Phòng Nghiên cứu - Sưu tầm

- Phòng Giáo dục - Truyền thông-

- Phòng Duy tu - Môi trường

CÁC PHÒNG CHỨC NĂNG NGHIỆP VỤ

1.    Phòng Duy tu - Môi trường

2.    Phòng Nghiên cứu - Sưu tầm

3.    Phòng Giáo dục - Truyền thông

4.    Phòng Hành chính - Tổng hợp