Văn Miếu - Quốc Tử Giám Hà Nội từ năm 1945 trở đi chỉ còn là nơi thờ tự nên hoạt động duy nhất được tổ chức tại Văn Miếu là tế lễ Khổng Tử và các tiên hiền, tiên Nho. Điều đáng chú ý là, Chủ tịch Hồ Chí Minh đã đến đây chủ trì buổi tế Thu vào ngày 21/10/1945 và Huỳnh Thúc Kháng - Bộ trưởng Bộ Nội vụ Nước Việt Nam Dân chủ Cộng hòa chủ trì buổi tế Thu ngày 22/9/1946. Sự kiện này khẳng định vai trò và giá trị to lớn của Văn Miếu-Quốc Tử Giám đối với nền văn hóa của dân tộc trong hoàn cảnh mới của lịch sử.Từ sau tháng 9/1946, việc tổ chức tế lễ được thực hiện theo tinh thần dân chủ, tiến bộ của Chính phủ Việt Nam Dân chủ Cộng hòa. Mỗi năm chỉ tế một lần vào ngày sinh Khổng Tử (ngày 27 tháng 8). Các qui định về cách thức hành lễ đơn giản, chỉ cần lên xuống gối thay cho phủ phục; người dự lễ có thể mặc đồ âu phục; lễ vật cũng đơn giản, tiết kiệm, chỉ cần hoa, quả.Trong thời kỳ Kháng chiến chống Pháp (1946-1954), Văn Miếu - Quốc Tử Giám bị hư hại nhiều. Giai đoạn đầu thời kỳ Toàn quốc Kháng chiến (1946-1947) khu đền Khải Thánh cũng như nhà Đông vu, Tây vu khu Điện Đại Thành đã bị phá hủy.Để bảo vệ Di tích Văn Miếu, một số người tâm huyết với nền văn hóa nước nhà đã đứng ra thành lập Văn Miếu học hiệp hội với mong muốn bảo vệ, tu bổ, tôn tạo di tích. Văn Miếu học hiệp hội đã góp phần quan trọng vào việc gìn giữ di tích này cho đến ngày giải phóng Thủ đô (năm 1954).Năm 1954, sau khi tiếp quản Thủ đô, ngành Văn hóa Hà Nội đã tu sửa lại Văn Miếu, trùng tu hai dãy Đông vu, Tây vu ở hai bên sân Đại Bái.Ngày 28/04/1962, Văn Miếu - Quốc Tử Giám được Bộ Văn hoá xếp hạng là Di tích lịch sử văn hoá cấp quốc gia.Ngày 25/04/1988, Trung tâm Hoạt động Văn hóa Khoa học Văn Miếu - Quốc Tử Giám được thành lập, có trụ sở đặt ngay trong Di tích. Trung tâm Hoạt động Văn hóa Khoa học Văn Miếu - Quốc Tử Giám có chức năng quản lý, tu bổ, tôn tạo và phát huy giá trị của di tích Văn Miếu - Quốc Tử Giám trong giai đoạn mới, góp phần bảo tồn, xây dựng nền văn hóa mới của dân tộc.